Los órganos de gobierno en el ayuntamiento son el Alcalde, asistido por sus Concejales, con los cuáles forma la Corporación Municipal, además del Pleno y la Junta de Gobierno. El funcionamiento del gobierno municipal está regulado por la Ley de Bases de Régimen Local.
El Alcalde es el Presidente de la Corporación y tiene las atribuciones genéricas de dirigir el gobierno y la administración municipal así como representar al ayuntamiento. El conjunto completo de atribuciones se recoge en el artículo 21 de la LBRL.
Los Concejales, junto con el Alcalde, son los representantes de los ciudadanos en los órganos de gobierno del municipio, formando parte del Pleno, de la Junta de Gobierno y de las Comisiones informativas y de trabajo.
El Pleno, del cual forman parte todos los ediles electos, incluido el Alcalde, que lo preside, es el órgano encargado de fiscalizar y controlar la actuación de los órganos de gobierno, así como de asumir decisiones municipales en materias importantes como son la aprobación del presupuesto municipal, el planeamiento urbanístico, la plantilla de trabajadores del ayuntamiento, las operaciones financieras, etc. Los concejales se organizan dentro del pleno en grupos políticos, que concurrieron a las elecciones, presididos por un portavoz. El conjunto completo de competencias y atribuciones del Pleno se recoge en el artículo 22 de la LBRL.
La Junta de Gobierno Local se integra por el Alcalde y un número de Concejales no superior al tercio del número legal de los mismos, nombrados y separados libremente por aquél dando cuenta al Pleno. Sus funciones son la asistencia al Alcalde en el ejercicio de sus atribuciones así como las atribuciones que el Alcalde u otro órgano municipal le delegue o le atribuyan las leyes. Su cometido está regulado en el artículo 23 de la LBRL.
La Comisiones Informativas están formadas por varios concejales de los distintos grupos políticos para el estudio y trabajo dentro de distintas áreas de actuación, siendo preceptivas la Comisión de Contratación y la de Cuentas, que asisten al alcalde, fiscalizando además su actuación, en las funciones que se denotan por sus nombres. Además de éstas, el ayuntamiento puede nombrar comisiones de trabajo para distintos aspectos particulares. Actualmente, en el Ayuntamiento de Sigüenza, están nombradas una comisión para el seguimiento de la puesta en funcionamiento del Polígono Industrial y otra para la elaboración del Plan de Ordenación Municipal.
